神社の創建は社伝「日本最初方除八社大明神略記」によれば元明天皇の和銅３年(７１０)と伝え、祭神は、武甕槌命、経津主命、天児屋根命、市杵嶋姫命の四神であったが、平城京遷都に際して、鬼門除けの勅願により、応神天皇、仲哀天皇、神功皇后、武内宿祢命の四神を勧請して八神となったと伝える。社名は延喜式神名帳に記載はなく郷村社であった。

また、往古は美豆野神社、または丹波津宮と称されていた。

その後の変遷はつまびらかでないが、当社に保存されている棟札によれば、天正１４年（１５８６）５月に御牧城主「御牧勘兵衛尉尚秀」が願主となり社殿を再建した。

その後、寛永元年（１６２４）淀城主「板倉伊賀守高勝」ならびに御牧八郷氏子惣中によって造営が行われている。

現在の御祭神は四柱となっている。